离暑假结束还有三天，由于开学前一天必须要去学校报到和领取教材，众人决定月号启程离开学园都市。
木村河东望了望学园都市，叹了口气：“唉，看样子，咱们要跟学园都市说拜拜了，我们居然还没彻底消灭暗部组织就离开，真是可惜啊！”
松永久远安慰道：“这也是没有办法的事情，要怪就怪那些袭击大人的人，他们还给他吃了那个缩小药丸，否则大人就不会在帝丹小学上课了，我们也就可以继续留在这里，直到剿灭暗部组织再离开。”
北条林克说道：“行了，什么都别说了，咱们整理一下各自的行李，明天我们就离开。”
众人不禁叹了口气，怀念着在学园都市的美好回忆以及在这里认识的朋友们。
可是，事情没有想象得那么简单，当天夜里，一个有着狮子鬃毛般蓬松凌乱的金发、巧克力色般褐色肌肤的女性，穿着破破烂烂的哥特萝莉风的黑色洋装的女子站在一条高速公路的附近，露出了坏笑后出现了一个石巨人把高速公路给摧毁了。
第二天，正当明智光天他们要回去时，看到了今天的新闻，新闻上说一条高速公路在昨夜被不明生物摧毁，损伤非常严重，正在修理当中，众人看到后大吃一惊，这是、唯一一条从学园都市通向东京的高速公路，就被摧毁了，他们也回不去了。
明智光天带着木村河东和松永久远准备去现场看看，在出发前遇到了御坂美琴和白井黑子。
御坂美琴问道：“各位，今天的新闻，你们也看到了吗？”
明智光天回答：“哎，我们也看到了，唯一一条通向东京的高速公路被毁，我们要去了解情况。”
白井黑子说道：“我和你们一起去吧，毕竟我是风纪委员，我也有义务去调查此事。”
明智光天点了点头，又带上白井黑子前往现场。大约过了一个多小时，他们来到了目的地，下车一看，高速公路已经彻底断了一大截。
木村河东感叹道：“！！！这样的破坏力真是太可怕，到底是谁干的？”
明智光天回答：“我也不清楚，我要先去问个明白！”
明智光天立刻跑上去，一位工人看到明智光天走来，立刻阻拦了他。
“小朋友，你不能过去，现在在修建当中。”
明智光天有礼貌地问道：“我很抱歉打扰到你们，忘了自我介绍，我是明智军团的首领——明智光天，我们在两个月前从东京来到学园都市游玩，计划好今天回去，当我看到今天的新闻说唯一一条从学园都市通向东京的高速公路被摧毁了，这是怎么一回事？”
工人回答：“我也很不清楚，但是从这样的破坏程度来看，肯定是有人故意把高速公路摧毁。”
明智光天听到这话感觉很可疑。
“哦对了，如果是这样的破坏程度，要多久才能修好，我们还要等着回东京上学呢！”
工人听了一愣，叹了口气：“小朋友，我只能说句很抱歉的话，你们可能没办法回东京，因为这条高速公路损坏非常严重，起码在月初才能修理完毕。”
明智光天听了大吃一惊，这下子回不了东京了，心里很是愤怒。
明智光天他们重新回到了学园都市，把所有的事情告诉了御坂美琴她们。
佐天泪子问道：“居然会有这样的事情，那你们不就回不去了吗？”
初春饰利也说道：“而且这条高速公路要修理这么长时间，那小圆和沙耶加的家人一定会担心她们的呀。”
明智光天严肃地说道：“这件事情我并不是最担心的，我最担心的就是到底是谁摧毁了高速公路，我们原本就打算在今天回东京，可没想到就在今天播放出唯一一条通向东京的道路被摧毁了，这也未免太过巧合了吧？”
白井黑子想了想，问道：“难不成是暗部组织所为吗，因为你们和我们一样也都是月号开学，月日要去学校报道并领取教材，所以他们打算把高速公路摧毁，再把你们全部杀掉吗？”
明智光天想了想，否决道：“我想应该不是她们，我仔细看了看高速公路的破坏程度，根本就不像是被炸药炸毁的，看起来是某个庞然大物用什么东西，并把高速公路摧毁，断了我们回去的道路。”
固法美伟仔细想了想：“我在想，如果高速公路被摧毁不是暗部组织干的，那就说明凶手是另有其人，难道说是魔法师干的。”
初春饰利说道：“很有可能，那个叫茵蒂克丝的修女的大脑里就有万千本魔法师内容的记忆，肯定是其中一位魔法师得知明智军团一直在保护着茵蒂克丝，所以想把明智军团一一消灭，再把茵蒂克丝抓走，然后学习可怕的魔法来毁灭世界也说不定。”
明智光天站起身来：“总而言之，现在下结论还未免太早了些，我们现在不知道摧毁高速公路的是暗部组织还是魔法师。但有一点可以确定，我们有一段时间回不了东京了，得先跟小圆以及沙耶加的家人，还有我们各自上学的校长们说明一下我们回不去的原因，叫他们不要担心我们，等高速公路修好后，我们会立刻返回。”
初春饰利说道：“放心吧，这就交给我吧，我们风纪委员这里也正好有市立见泷原中学和帝丹小学的联系方式，你们的事情我们会告诉校长他们。”
明智光天回答：“那就谢谢你们了，那我这就联系小圆和沙耶加的家人们以及在东京我认识的伙伴们，告诉他们回不了东京的原因，还叫他们不要太过担心咱们。”
就这样，明智光天只好带着军队留在了学园都市，等待高速公路修复好并回去。但是有一件事情让明智光天感觉很奇怪，为什么却在他们快要离开学园都市的时候高速公路就被摧毁了，明智光天感觉这是有预谋，猜测那个凶手肯定会来找他们麻烦，便决定做好全面准备，去对付那个凶手。
(月日到月日)